Као и сваки други оперативни систем и GNU/Linux оперативни систем садржи структуру директоријума. У овом тексту биће представљени директоријуми које систем највише користи, тако да ће нам за савладавање основа рада линукс система следећи списак бити јако користан. Списак је намењен како за нове кориснике (које желе да знају где се шта налази од система), тако и за кориснике који већ имају линукс искуство (замишљено као подсетник).
/bin
Садржи извршне програме који су део GNU/Linux оперативног система и многе команде као што су cat, cp, ls, more, те програме као што је Shell који представља командну линију и тако даље.
/boot
Садржи датотеке потребне за подизање оперативног система. Boot loader као што је LILO(енгл. LInux LOader) користи ове датотеке. Кернел који се учитава приликом подизања система се налази у /boot директоријуму.
/dev
Садржи све уређаје попут уклоњивих уређаја, звучних картица, модема и друго. То је виртуелни директоријум који садржи датотеке ових уређаја.
/etc
То је, у ствари, конфигурациони директоријум целокупног оперативног система. Такође, садржи глобална подешавања за ssh, telnet, smtp/pop3 поштанске сервере, X11, apache, samba…
/home
Подразумевани директоријум за складиштење корисничких података. Садржи личне директоријуме за сваког корисника али сваки лични директоријум носи /home за тог корисника. Само root user може видети све /home директоријуме.
/lib
Садржи заједничке библиотеке (perl, python, C…) и кернел модуле. Садржи системске библиотеке неопходне за рад оперативног система и појединачних програма.
/lost+found
У њега се смештају сви фрагменти (делови) датотека који би могли да нестану услед пада система. FSCK програм у линуксу тражи грешке у фајл -систему и фрагменте на које наиђе смешта у /lost+found како би могли бити поново враћени у систем.
/media
Директоријум чија је сврха да буде јединствено место за монтирање мултимедијалних уређаја од стране корисника и различитих програма.
/mnt
Ово је подразумевана локација за све администраторски монтиране уређаје или системе датотека (file systems) као што су cdrom, floppy disk, usb flash, partitions, file image… У /mnt се монтирају уређаји који су потребне само за одређено време, ако их не демонтирамо, биће покренути само до гашења или рестартовања система.
/opt
Садржи конфигурационе датотеке за додавање на апликативне програме. Овде се могу инсталирати third-party програми. Садржи опционе пакете програма.
/proc
Садржи податке о системским процесима. То је виртуелни систем датотека који садржи информације о систему датотека. Условно речено, директоријум који се креира приликом подизања система и садржи информације о кернелу. Он није класичан директоријум, већ нешто као виртуелни директоријум/фајл преко кога добијамо информације.
/root
Ово је /home директоријум системског администратора (root). Он није у склопу свих /homeдиректоријума већ је издвојен. Привилегије писања над овим директоријумом има само root корисник.
/sbin
Садржи бинарне извршне датотеке који су доступне само root-у, углавном намењене одржавању система. Такође, садржи и команде као што су mount, shutdown, umount итд.
/srv
У новијим верзијама Slackware GNU/Linux дистрибуције, овај директоријум је предвиђен за смештање података које користе програми намењени серверској употреби попут apache web server-а.
/sys
Системски директоријум који кернел генерише при сваком покретању система.
/tmp
Садржи све привремене датотеке које се бришу са сваким стартовањем система. Представља главни директоријум за смештање привремених датотека.
/usr
Садржи дељиве и read-only податке. Такође, садржи и бинарне датотеке, библиотеке, документацију, изворе и друго.
/usr/bin
Садржи извршне датотеке многих команди које нису део језгра GNU/Linux оперативног система.
/usr/include
Садржи главне датотеке (вођице) за C и C++ програмске језике.
/usr/lib
Садржи библиотеке за C и C++ програмске језике.
/usr/local
Садржи локалне датотеке сличне онима који се налазе у /bin директоријуму.
/usr/sbin
Садржи административне команде.
/usr/share
Садржи датотеке које су заједничке, као нa пример, уобичајене конфигурационе датотеке, слике, документа и друго.
/usr/src
Садржи извор GNU/Linux језгра (кернел).
/var
Садржи датотеке специфичне за корисника као што су mail поруке, база података инсталираних програма, историје и друго.
/var/cache
Садржи кеширане податке за програме.
/var/lib
Садржи информације које се тичу тренутног стања програма. Те информације се мењају сваки пут кад се покрене програм.
/var/lock
Садржи закључане датотеке које су креиране од стране програма. Најчешће садрже информацију о редном броју процеса за одговарајући програм.
/var/log
Садржи историје различитих програма.
/var/mail
Садржи корисникове поруке е-поште. То је пошта коју корисник добија од самог оперативног система.
/var/opt
Садржи променљиве податке за пакете смештене у /opt директоријум.
/var/run
Садржи податке који описују систем од тренутка стартовања.
/var/spool
Садржи податке који чекају на неки процес.
/var/tmp
Садржи датотеке које су очуване између два стартовања система.
